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1. 有机所标识是由三个三角形构成一个立体的四面体、中文全称和英文名称的首字母、建所年份以及一个圆圈组合而成。
2. 四面体是有机化学中最简单、最基本的化合物---甲烷分子的立体构型。以甲烷分子立体构型作为有机所的标识中最基本的图案，反应出了有机所的属性特征。
3. 三个三角形象征了有机所发展战略所确定的“人口与健康”、“资源与环境”、“新材料”三大重点领域;三角形构成的三角锥型象征了有机所在这三大领域将有所作为，勇攀科学高峰。
4. 三个三角形需要设计精准、配精确、组合精细才能构成一个立体的三角锥型，是有机所长期以来形成的“严格”、“严密”、“严肃”的三严优良学风的体现。
5. 蓝色象征浩瀚的天空。采用宝兰色作为所的标志色，象征了有机所在科学的浩瀚宇宙中探索真知，追求真理。